高新技术企业认定专项审计跟一般的审计流程差不多，但实质性程序的侧重点略有不同，具体情况如下：
一、审计前准备
1.认真学习最新版的《高新技术企业认定管理办法》、《高新技术企业认定管理工作指引》、《高新技术企业认定专项审计指引》等指导文件，掌握学习高新技术企业认定的文件、程序等；学习《国家重点支持的高新技术领域》，了解国家重点支持的高新技术领域具体有哪些；
2.根据审计需要，要求被审计单位提供资料。
二、高新技术产品（服务）收入专项审计程序
1.高新技术产品（服务）收入的定义
高新技术产品（服务）收入是指企业通过技术创新、开展研发活动，形成符合《重点领域》要求的产品（服务）收入和技术性收入的总和。技术性收入主要包括以下几个部分：
（1）技术转让收入：指企业技术创新成果通过技术贸易、技术转让所获得的收入；
（2）技术承包收入：包括技术项目设计、技术工程实施所获得的收入；
（3）技术服务收入：指企业利用自己的人力、物力和数据系统等为社会和本企业外的用户提供技术方案、数据处理、测试分析及其他类型的服务所获得的收入；
（4）接受委托科研收入：指企业承担社会各方面委托研究开发、中间试验及新产品开发所获得的收入。
2.高新技术产品（服务）收入审计关注要点
（1）审计人员应了解企业管理当局区分高新技术产品（服务）的确认标识，以便设计相关程序测试高新技术产品（服务）的确认标识，确认申报企业是否混淆高新技术产品（服务）收入与非高新技术产品（服务）收入的界限，是否虚增高新技术产品（服务）收入；
（2）审计人员应收集申报企业知识产权证书（包括发明、实用新型、外观设计等的专利证书，软件著作权证书）或独占许可合同、生产批文、新产品或新技术证明、产品质量检验报告、省级以上科技计划立项证明以及其他相关证明材料，验证企业管理当局区分高新技术产品（服务）确认标识。
（3）一般产品与高新技术产品组合销售取得的销售收入，高新技术产品（服务）收入明细表中按全额确认为高新技术产品（服务）收入。收入明细表中对一般产品收入部分是否应该剔除？如果需要剔除，又该如何剔除一般产品的销售。审计人员对于上述情况应区别处理。
（一）如果一般产品与高新技术产品彼此能够独立销售，应取得申报企业的产品（服务）价格目录，按一般产品与高新技术产品销售价格重新计算后对高新技术产品（服务）收入予以调整，将一般产品收入从高新技术产品（服务）收入中扣除，收入明细表按净额列报；
（二）如果无法对组合销售的一般产品与高新技术产品进行区分或一般产品仅是高新技术产品的附件，则无需调整收入明细表，但就上述事项应在专项审计报告中进行说明和披露。
（4）外购与本企业相同的高新技术产品销售，其销售收入是否可以在高新技术产品（服务）收入明细表中列报。审计人员应注意外购与本企业相同的高新技术产品销售收入不应列报在高新技术产品（服务）收入明细表中作为本企业高新技术产品（服务）收入。
（5）《企业会计准则第14号一收入》是指企业在日常活动中形成的、会导致所有者权益增加的、与所有者投入资本无关的经济利益的总流入，包括销售商品收入、提供劳务收入和让渡资产使用权收入等。《管理办法》对总收入概念没有做出具体定义，从字面理解应该比准则收入概念要宽泛些，应该还包含非日常活动中取得的收入。申报企业若在申报当年发生了重大的债务重组、重大的非货币性资产交易或者取得巨额政府补助等非日常活动收入，执行新会计准则的企业在计算指标时就显得比较吃亏。由于总收入中包含了债务重组、非货币性交易等非日常活动产生的收入，在计算高新技术产品（服务）收入占企业当年总收入的比例时容易导致企业因非日常经济事件而导致高新技术产品（服务）收入指标无法达到60%
三、研究开发费用专项审计相关
1.相关定义
研发活动是指为获得科学与技术（不包括人文、社会科学）新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务）而持续进行的具有明确目标的活动。
研发项目是指“不重复的，具有独立时间、财务安排和人员配置的研究开发活动”。企业的研究开发费用是以各个研发项目为基本单位分别进行测度并加总计算的。
研究开发费用内容包括：人员人工、直接投入、折旧费用和长期费用摊销、设计费、装备调试费、无形资产摊销、委托外部研究开发费用、其他费用等。
2.研究开发费用范围、归集、分摊方法及审核要点
（1）人员人工
（一）范围：从事研究开发活动人员（也称研发人员）全年工资薪金，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资以及与其任职或者受雇有关的其他支出。.
（二）归集和分摊方法：对企业存在多个研发项目的，还要按实际参与的项目进行归集，若研发，人员同时参与两个或两个以上项目应按统计的工作量进行分摊，无工作量统计的，则选择当期各项目直接投入占总投入比例进行分摊。
（三）建议：企业应当设有专门的科研人员名册，一方面便于申请认定时科研人员比例要求的核对；另一方面，便于在费用归集时的相互对应。
（四）企业应当和科研人员签订劳动合同，缴纳社会保险，强调的是科技人员在企业工作时间每年不少于半年（183 天）。在支付科研人员人工费时，可以考虑集中制表且与劳动合同相一致。
（五）审核要点：检查应付工资、应付福利费、管理费用明细账，全年各月份工资表、个人所得税申报表，劳动合同、参加社会保险资料；结合研发部门人员名单，确定研发人员的工资是否真实，计算是否准确。获取受雇的科研人员累计实际工作时间在183天以上的证据。
（2）直接投入
（一）范围：企业为实施研发项目而购买的原材料等相关支出。如：水和燃料（包括煤气和电）使用费等；用于中间试验和产品试制达不到固定资产标准的模具、样品、样机及一般测试手段购置费、试制产品的检验费等；用于研究开发活动的仪器设备的简单维护费；以经营租赁方式租入的固定支出发生的租赁费等。
（二）归集和分摊方法：一般为直接计入，对动力费用、共同使用的模具、样品、样机、及一般测试手段购置费等按各研发项目使用的工作量等可行方法计算后计入。
（三）审核要点：检查管理费用、原材料明细账、原材料购入、发出、结存明细表、相关费用分配表等，确认其结转研发费用的合理性及金额的准确性。
（四）对于直接购入的能源、材料则检查购入的发票、运输单据、入库单、领料单等，确认其真实性及与研发项目的相关性。
（3）折旧费用与长期待摊费用
（一）范围：包括为执行研究开发活动而购置的仪器和设备以及研究开发项目在用建筑物的折旧费用，包括研发设施改建、改装、装修和修理过程中发生的长期待摊费用。
（二）归集和分摊方法：属于多个项目使用的，按各研发项目使用工作量等可行方法计算后计入。
（三）审核要点：检查固定资产明细账、长期待摊费用明细账，检查被审计单位年度新增固定资产及长期待摊费用的发票、固定资产的申购单、入库单、验收单。实地查看该部分设备，确定其是否真实存在，是否用于研发。复核各项折旧、摊销的准确性。对购入时已计入研发费用的是否重复计提折旧。
（4）设计费用
范围：设计费用是为新产品和新工艺的构思、开发和制造，进行工序、技术规范、操作特性方面的设计等发生的费用。
（5）装备调试费
（一）范围：装备调试费主要包括工装准备过程中研究开发活动所发生的费用（如研制生产机器、模具和工具，改变生产和质量控制程序，或制定新方法及标准等）。为大规模批量化和商业化生产所进行的常规性工装准备和工业工程发生的费用不能计入。
（二）归集方法：上述两项一般不会有共同费用，可直接计入。
建议：设计费用、装备调试费，要有合法证据，这些费用往往是发生在企业内部中，没有多少外来原始凭证，事后很难收集和核实。比如调试设备的次数和每次消耗电费、相关技术工人的人工。企业应按内部核算的要求，加强基础核算工作，财务部门与科研部门协调配合，做好原始记录和凭证，及时履行审批程序，逐月结算入账。
（三）审核要点：设计费审核要点：检查管理费用明细账——研发费用明细科目，检查设计费用支出的发票，付款申请审批单据，确认其费用发生的真实性及金额的准确性。委托外部设计费用需查看合同、协议等。
装备调试费审核要点：为大规模批量化和商业化生产所进行的常规性工装设备和工业工程发生的费用不能计入。
（6）无形资产摊销
（一）范围：因研究开发活动需要购入的专有技术（包括专利、非专利发明、许可证、专有技术、设计和计算方法等）所发生的费用摊销。
（二）归集和分摊方法：属于工作量等可行方法计算后摊销计入。
（三）审核要点：检查无形资产明细账、管理费用明细账，检查无形资产购入发票、付款凭证、专有技术证书等资料，确认其真实性及摊销金额的准确性。
（7）委托外部研究开发费用
（一）范围：委托外部研究开发费用是指企业委托境内其他企业、大学、研究机构、转制院所、技术专业服务机构和境外机构进行研究开发活动所发生的费用（项目成果为企业拥有，且与企业的主要经营业务紧密相关）。
（二）归集方法：一般不会有共同费用，可直接计入。
建议：委托外部研发费用要注意项目成果及与企业主要业务紧密相关是衡量外部研发费用能否计入的重要因素。在签订委托合同时，应当特别注明。认定过程中，发生的全部委托外部研发费用，按照发生额的80%计入研发费用总额。而该规定，在计算加计扣除时则没有这样的限制。
（三）审核要点：检查管理费用明细账、与委托外部研发费用相关的明细账，委托外部研发费用的合同或协议，检查发票、付款凭证，确认其发生的真实性及金额计算的准确性，是否是关联交易。
（8）其他费用
（一）范围：为研究开发活动所发生的其他费用，如办公费、通讯费、专利申请维护费、高新科技研发保险费等。此项费用一般不得超过研究开发总费用的10%，另有规定的除外。
（二）归集和分摊方法。单个项目发生的直接计入；属于多个项目，按各个项目直接投入占总投入比例分摊；若费用较小则可直接计入某项目。
（三）审核要点：检查管理费用明细账，费用分摊表，确认费用支出与研究项目的相关性及费用分摊的合理性。关注其他费用金额一般不得高于研发费用总额的10%。
四、专项审计报告
1.完成审计工作
在实施了上述所有审计程序后，注册会计师应当汇总审计测试的结果，进行更具综合性的审计工作，如编制审计差异调整表和试算平衡表，执行分析程序，撰写审计总结以及完成审计工作底稿的复核等。在此基础上，注册会计师应当评价审计结果，在与申报企业管理层和治理层沟通后，确定应出具专项审计报告的意见类型和措辞，进而编制并致送专项审计报告，终结审计工作。
2.出具专项审计报告的特殊考虑
（1）专项审计报告不应后附整套财务报表
根据《中国注册会计师审计准则第1601号——对特殊目的审计业务出具审计报告》的规定，为避免信息使用者误认为对财务报表组成部分出具的审计报告与整套财务报表相关，注册会计师不应将整套财务报表附于专项审计报告后。
（2）对年度财务报表审计报告的特殊考虑
（一）注册会计师应当考虑在实施年度财务报表审计时与研究开发费用结构明细表[高新技术产品（服务）收入明细表]审计有关的审计结论，关注年度财务报表审计报告的类型，是否存在与申报企业研究开发费用、高新技术产品（服务）收入相关的非标准审计报告的情况，并考虑其对本专项审计业务及审计意见的影响。
（二）如果已对整套财务报表出具否定意见或无法表示意见的审计报告，只有在企业年度研究开发费用和高新技术产品（服务）收入并不构成财务报表的主要部分时，注册会计师才可以对其出具专项审计报告。否则，会对整套财务报表的审计报告产生影响。
