相比于原办法，新办法在申请资料及备案方面要求更加严谨；在认定程序方面更具有时效性；在监管方面更具有合理性。

（一）准备申请资料方面

新办法第六条取消“独占许可合同”字样，增加“近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表”。同时要求企业历年的纳税申报记录与会计报表等提交资料应保证内在逻辑的一致性。为监管机构的后续管理奠定了基础。

（二）在年度备案方面

新办法第十三条增加企业获得高新技术企业资格后，应每年4月底前在“高新技术企业认定管理工作网”填报上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表。其要求与《国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知》（国税函【2009】203号文，以下简称203号文）第五条关于备案的内容要求上基本一致。因新办法由三部委联合发布，增加备案管理，在执行力度上将高于203号文，使高新技术企业备案管理具有更高的法律地位。

（三）认定程序方面

新办法（三）规定：认定企业由领导小组办公室在“高新技术企业认定管理工作网”公示10个工作日，无异议的，予以备案。相比于原办法，公示日由15个工作日减少到10个工作日，增加了高新技术企业认定的时效性。

（四）监管方面

新办法第十九条“取消高新技术资格的情形规定”中对“提供虚假信息”和“偷骗税行为”增加“严重”定语，避免了原办法对上述行为不区分情节严重，一刀切，处罚有失公平、公正原则。但如何界定“严重”，相信会在后续出台的配套工作指引中加以明确，否则监管机关在实操中会有很大的自由裁量权，容易产生争议。

特别需要强调的是，新办法第十九条增加“累计两年未填报年度发展情况报表的”将被取消高新技术企业资格，同时取消了“被取消资格的企业，认定机构在5年内不再受理该企业的认定申请”的规定。